Database Authors
Pallavi Subhraveti1, Peter Midford1, Ingrid Keseler1, Anamika Kothari1, Ron Caspi1, Peter D Karp1
1SRI International
Summary This Pathway/Genome Database (PGDB) was generated on 12-July-2021 from the annotated genome of Actinomadura namibiensis DSM 44197, as obtained from RefSeq (see the RefSeq entry for the authors of the original genome sequence). The PGDB was created computationally by the PathoLogic component of the Pathway Tools software (version 25.0) [Karp16, Karp11] using MetaCyc version 25.0 [Caspi20]. It has not undergone any manual curation or review, and may contain errors. Development of this PGDB was supported by grant GM080746 from the National Institutes of Health.
Genome
ContigTotal GenesProtein GenesRNA GenesPseudogenesSize (bp)NCBI Link
NZ_JACJIA0100000011,4201,38615191,488,020RefSeq:NZ_JACJIA010000001
NZ_JACJIA0100000029949611716998,616RefSeq:NZ_JACJIA010000002
NZ_JACJIA010000003799777814829,550RefSeq:NZ_JACJIA010000003
NZ_JACJIA01000000473572168802,968RefSeq:NZ_JACJIA010000004
NZ_JACJIA010000005602582416627,546RefSeq:NZ_JACJIA010000005
NZ_JACJIA010000006484457324507,078RefSeq:NZ_JACJIA010000006
NZ_JACJIA01000000743943216449,693RefSeq:NZ_JACJIA010000007
NZ_JACJIA010000008450436311435,552RefSeq:NZ_JACJIA010000008
NZ_JACJIA01000000937937801415,778RefSeq:NZ_JACJIA010000009
NZ_JACJIA010000010375353175391,896RefSeq:NZ_JACJIA010000010
NZ_JACJIA01000001133332427357,119RefSeq:NZ_JACJIA010000011
NZ_JACJIA01000001228927955297,927RefSeq:NZ_JACJIA010000012
NZ_JACJIA01000001325325003295,576RefSeq:NZ_JACJIA010000013
NZ_JACJIA01000001424023703260,255RefSeq:NZ_JACJIA010000014
NZ_JACJIA01000001522421914233,309RefSeq:NZ_JACJIA010000015
NZ_JACJIA01000001614913955163,853RefSeq:NZ_JACJIA010000016
NZ_JACJIA01000001714013514156,885RefSeq:NZ_JACJIA010000017
NZ_JACJIA01000001816215507152,907RefSeq:NZ_JACJIA010000018
NZ_JACJIA01000001913713115148,987RefSeq:NZ_JACJIA010000019
NZ_JACJIA01000002011410923125,975RefSeq:NZ_JACJIA010000020
NZ_JACJIA01000002111211101117,880RefSeq:NZ_JACJIA010000021
NZ_JACJIA01000002277760184,509RefSeq:NZ_JACJIA010000022
NZ_JACJIA01000002367640381,398RefSeq:NZ_JACJIA010000023
NZ_JACJIA01000002469610871,124RefSeq:NZ_JACJIA010000024
NZ_JACJIA01000002567640368,028RefSeq:NZ_JACJIA010000025
NZ_JACJIA01000002647470053,448RefSeq:NZ_JACJIA010000026
NZ_JACJIA01000002735330234,529RefSeq:NZ_JACJIA010000027
NZ_JACJIA01000002835304132,135RefSeq:NZ_JACJIA010000028
NZ_JACJIA01000002937370031,453RefSeq:NZ_JACJIA010000029
NZ_JACJIA01000003025241023,808RefSeq:NZ_JACJIA010000030
NZ_JACJIA01000003119170219,065RefSeq:NZ_JACJIA010000031
NZ_JACJIA01000003210011,487RefSeq:NZ_JACJIA010000032
NZ_JACJIA01000003311001,360RefSeq:NZ_JACJIA010000033
NZ_JACJIA01000003410101,077RefSeq:NZ_JACJIA010000034
Total:9,3119,026971889,760,791
Ortholog data available?No
Database Contents
Genes9,307
Pathways278
Enzymatic Reactions1,440
Transport Reactions67
Polypeptides9,032
Protein Complexes66
Enzymes1,113
Transporters735
Compounds1,136
Transcription Units6,762
tRNAs88
Protein Features10,006
Database Version29.0
Sequence SourceGCF_014138665.1
Taxonomic Lineage cellular organisms
Bacteria <bacteria>
Terrabacteria group
Actinomycetota
Actinomycetes
Streptosporangiales
Thermomonosporaceae
Actinomadura
Actinomadura namibiensis
Genetic Code Number 11 -- Bacterial, Archaeal and Plant Plastid (same as Standard, except for alternate initiation codons)
BIOSAMPLESAMN14908517
NCBI BioProjectPRJNA224116
NCBI-Taxonomy182080
Geographic LocationSouth Africa
Annotation ProviderNCBI RefSeq
Annotation Date2020-08-13
Annotation PipelineNCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP)
Annotation Pipeline Version4.12
Annotation CommentBest-placed reference protein set; GeneMarkS-2+
NCBI Genome Typerepresentative

References

Caspi20: Caspi R, Billington R, Keseler IM, Kothari A, Krummenacker M, Midford PE, Ong WK, Paley S, Subhraveti P, Karp PD (2020). "The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes - a 2019 update." Nucleic Acids Res 48(D1);D445-D453. PMID: 31586394

Karp11: Karp PD, Latendresse M, Caspi R (2011). "The pathway tools pathway prediction algorithm." Stand Genomic Sci 5(3);424-9. PMID: 22675592

Karp16: Karp PD, Latendresse M, Paley SM, Krummenacker M, Ong QD, Billington R, Kothari A, Weaver D, Lee T, Subhraveti P, Spaulding A, Fulcher C, Keseler IM, Caspi R (2016). "Pathway Tools version 19.0 update: software for pathway/genome informatics and systems biology." Brief Bioinform 17(5);877-90. PMID: 26454094

Report Errors or Provide Feedback
Page generated by Pathway Tools version 29.0 (software by SRI International) on Mon Jun 30, 2025, BIOCYC18A.